為了確保實驗型噴霧干燥機及其管道和**與成品接觸的部件的清潔，定期清潔設備是必要的。當產品品種發生變化，或設備停機超過24小時仍未清洗時，應徹底清洗一次。清洗方式，可根據實際情況選擇干洗、濕法清洗或化學清洗。

干洗：用刷子和吸塵器清潔(適用于小型噴霧干燥機)。濕洗：60~80熱水洗。化學洗滌：用堿液、酸液和各種洗滌劑洗滌。其中酸洗：硝酸配制成1~2%的溶液，在不超過65的加熱溫度下清洗，然后水洗；堿洗：將NaOH配制成0.5~1%的溶液，在不超過65的加熱溫度下洗滌，然后用清水洗滌。

濕洗和化學清洗后，設備和部件應安裝并在高溫下滅菌15 ~ 30分鐘。用離心噴霧干燥器清洗時，注意不要用氯及其化合物清洗。空氣過濾器應根據周圍環境條件進行清潔，即空氣中的灰塵含量。一般含量高的每3~6周清洗一次，含量低的每6~8周清洗一次。不銹鋼絲經堿洗后，仍應均勻地鋪設在空氣過濾器的框架內，并噴灑輕質錠子油或真空泵油。